Untersuchungen auf Tierseuchenerreger werden grundsätzlich nur an den diesbezüglich gezielt eingesandten Proben oder bei entsprechenden Verdachtsmomenten durchgeführt. Darüber hinaus werden derartige Untersuchungen aber im Interesse des Gesundheitsschutzes von Mensch und Tier und der Früherkennung von Tierseuchenerregern zusätzlich gegebenenfalls stichprobenartig auch an Proben durchgeführt, ohne dass ein entsprechender Verdacht besteht oder diese vom Einsender beauftragt worden sind. So werden beispielsweise verendete, zur Entsorgung auf der Tierkörperbeseitigungsanstalt angelieferte Rinder auf Transmissible Spongiforme Enzephalopathien (TSE), zur Sektion verbrachte Schweine auf Afrikanische Schweinepest und zur Untersuchung auf Blauzungenkrankheit eingesandte Blutproben auf Maul- und Klauenseuche (MKS) untersucht. Dieses Vorgehen ermöglicht es, eingehende Proben auch für Untersuchungen auf andere Tierseuchenerreger zu nutzen und somit auf eine separates Probennahmeverfahren zu verzichten. Dadurch können tierschutzrechtliche Belange durch Vermeidung einer wiederholten oder zusätzlichen Probennahme berücksichtigt und zudem die erforderlichen personellen, materiellen und finanziellen Ressourcen effizient eingesetzt werden.
Die zuständigen Veterinärbehörden werden mittels eines Softwaresystems zur Dokumentation und Auswertung von Kontroll- und Probennahmetätigkeiten in der Veterinärverwaltung automatisch über die Ergebnisse aller Untersuchungen informiert. Die Einsender der Proben erhalten grundsätzlich keine Mitteilung über die Ergebnisse der nicht beauftragten, zusätzlichen Untersuchungen. Im Falle des Nachweises eines Tierseuchenerregers oder gegen ihn gerichteter Antikörper ergeht unmittelbar eine Mitteilung an die zuständige Behörde, die den Einsender der Proben informiert und falls erforderlich tierseuchenrechtliche Maßnahmen einleitet.
Die Kosten für die im Zuge der Seuchenprävention und -bekämpfung zusätzlich durchgeführten Untersuchungen trägt das Land.
Bezüglich der Voraussetzungen für die Übernahme der Kosten wird auf die Beiträge zur Gewährung von Beihilfen für diagnostische Untersuchungen auf bestimmte Tierseuchen verwiesen.