Die Kreisverwaltungen und die Verwaltungen der kreisfreien Städte in Rheinland-Pfalz sind die sogenannten Vollzugsbehörden. Diese erledigen in der Lebensmittelüberwachung die Arbeit vor Ort. Bei den Kreisverwaltungen sind es in der Regel die Abteilungen für "Lebensmittelüberwachung und Veterinärwesen", die auf diesem Gebiet tätig werden, bei den Stadtverwaltungen die Ordnungsämter. In Rheinland-Pfalz nehmen rund 120 Lebensmittelkontrolleure und etwa 50 Tierärzte die entsprechenden Aufgaben wahr. In bestimmten Fällen beteiligen sich auch Sachverständige des Landesuntersuchungsamtes an Überwachungsmaßnahmen.

Die Aufgaben der genannten Behörden lassen sich im wesentlichen in die Bereiche Betriebskontrolle und Probenentnahmen gliedern. Alle Betriebe, die Lebensmittel herstellen oder mit diesen handeln, werden unangekündigt kontrolliert. Die Häufigkeit der Kontrollen richtet sich nach der Sensibilität der produzierten oder gehandelten Waren (Risikopotential), der Betriebsgröße, der Wirksamkeit betrieblicher Eigenkontrollen und nicht zuletzt den Erfahrungen, die Kontrolleure in der Vergangenheit in den Betrieben gemacht haben.

Bei Betriebskontrollen werden Proben entnommen und dem LUA zur Untersuchung zugeleitet. Unterschieden werden Planproben, die auf der Grundlage eines Jahresprobenplans und Proben, die aus besonderem Anlass entnommen werden. Zusätzlich werden auch Betriebe, die Bedarfsgegenstände und Kosmetika herstellen oder damit handeln, von den Vollzugsbehörden überwacht und in gleicher Weise wie die Lebensmittelbetriebe beprobt.
 
Das LUA hat die Fachaufsicht über die Vollzugsbehörden. Dies bedeutet in erster Linie die Koordination und Organisation der Überwachung. Von besonderer Bedeutung ist das bei der Feststellung von gesundheitlich bedenklichen oder aus anderen Gründen nicht verkehrsfähigen Produkten, die möglichst schnell im ganzen Land aus dem Verkehr gezogen werden müssen.

Wenn gefährliche Lebensmittel oder Bedarfsgegenstände auf dem Markt sind, müssen die Informationen zwischen den beteiligten europäischen Verbraucherschutzbehörden schnell fließen. Zwei wichtige Instrumente sind die Schnellwarnsysteme RASFF und RAPEX. Über sie werden akute Gesundheitsgefahren und Warenrückrufe europaweit verbreitet. Das LUA ist die rheinland-pfälzische Kontaktstelle für diese beiden Schnellwarnsysteme.

Im Jahr 2014 wurde die im LUA angesiedelte Interdisziplinäre Kontrolleinheit Rheinland-Pfalz (IKER) ins Leben gerufen, um die landesweite Lebensmittelüberwachung zu verstärken. Das Team bündelt Kenntnisse aus den Bereichen Lebensmittelkontrolle, Lebensmitteluntersuchung und Lebensmitteltechnologie. IKER soll in lebensmittelbedingten Krisensituationen die Aufgaben einer landesweiten "Task Force" wahrnehmen und zur schnellen Untersuchung und Rückverfolgung verdächtiger Waren beitragen.

Außerhalb von Krisenzeiten trägt die Kontrolleinheit dazu bei, dass es gar nicht erst zu Krisen kommt. Dazu konzentriert sich IKER gemeinsam mit den Kommunen auf Betriebskontrollen mit ausgewählten Schwerpunkten. IKER soll die Betriebskontrollen der Kommunen mit Fachwissen ergänzen und vertiefen. Im Fokus stehen Betriebe mit besonders risikobehafteten Produkten und Herstellungsverfahren (z. B. Betriebe, in denen leicht verderbliche oder roh verzehrte Lebensmittel hergestellt werden) oder Betriebe, deren Überwachung Spezialwissen erfordert (z. B. im Bereich Kosmetik).

Die IKER-Kontrollen stellen auch ein überregionales Gegengewicht zur Konzentration in der Lebensmittelwirtschaft dar. Dort gibt es immer weniger kleine handwerklich arbeitende Betriebe, dafür einige wenige große Betriebe. Während Lebensmittelunternehmen über Kreis- und Landesgrenzen hinaus agieren, ist die Lebensmittelüberwachung vor Ort Aufgabe der Kreise und kreisfreien Städte. IKER kann mit ihren landesweiten Einsätzen dazu beitragen, dass an vergleichbare Betriebe die gleichen Anforderungen gestellt werden. Zudem kann IKER mit ähnlichen Einheiten anderer Bundesländer zusammenarbeiten, um über die Landesgrenzen hinaus beispielsweise komplexe Handelswege und Warenströme zu analysieren.

Die "Interdisziplinäre Kontrolleinheit Rheinland-Pfalz" (IKER) ist eine Konsequenz aus Krisen wie Dioxin-Skandal und EHEC-Krise. Die Verbraucherschutzministerkonferenz (VSMK) hat sich für die Einrichtung von interdisziplinären, spezialisierten und überregional tätigen Kontrolleinheiten innerhalb der jeweiligen Landesgrenzen ausgesprochen.

Die Probennahme durch die Lebensmittelkontrolle läuft nicht zufällig ab. Ein detaillierter Plan regelt, was wie oft untersucht wird. Eine abteilungsübergreifende Arbeitsgruppe des LUA erstellt einen Gesamtplan für das jeweils folgende Kalenderjahr. In diesen Plan fließen die Erkenntnisse aus den bisherigen Untersuchungen und Überwachungsmaßnahmen ebenso ein wie aktuelle Entwicklungen.

Folgende Grundsätze sind darüber hinaus zu beachten:

• Pro 1000 Einwohner sind mindestens 5 Proben bei Lebensmitteln (einschließlich Wein) zu entnehmen,
• bei Tabakerzeugnissen, kosmetischen Mitteln und Bedarfsgegenständen 0,5 Proben pro 1000 Einwohner.
• Alle relevanten Warenarten sind entsprechend ihrer Marktbedeutung und ihres Risikopotentials zu beproben.
• Im Land ansässige Hersteller und Importeure sind möglichst vollständig zu berücksichtigen (Sitzlandverantwortung).
• Probenehmer und Institute sind übers Jahr möglichst gleichmäßig mit Aufträgen zu versorgen.

Außer den im Laufe eines Jahres nach Plan abzurufenden und zu entnehmenden Proben wird noch ein Kontingent für Unvorhergesehenes eingeplant. Dies können Produkte sein, die dem Kontrolleur als neu oder verdächtig auffallen (Verdachtsproben), die von Verbrauchern vorgelegt werden (Verbraucherbeschwerde) oder die im Gefolge bekannt gewordener Beanstandungen entnommen werden (Verfolgs- oder Nachproben).